[스크랩] 연구 및 연구개발비에 대한 세액공제

[전심번호]법인, 조심2009서4154, 2010.05.26, 일부인용
[ 제 목 ]
연구 및 연구개발비에 대한 세액공제
[ 요 지 ]
연구소 연구원들이 연구활동에 전념하지 아니하였다고 볼 수 없고, 일반 매출부서의 영업활동과 구분되는 연구활동을 실질적이고 지속적으로 수행한 것으로 볼 수 있으므로 연구 및 연구개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당하는 것임
[ 결정내용 ]
결정 내용은 붙임과 같습니다.
[ 관련법령 ] 조세특례제한법 제10조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제]
조세특례제한법 시행령 제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제]

주 문

○○세무서장이 2009.9.10. 청구법인에게 한 2004사업연도 법인세 89,480,800원, 2005사업연도 법인세 13,225,450원, 2006사업연도 법인세 33,993,160원, 2007사업연도 법인세 260,403,520원 및 2008사업연도 법인세 89,857,100원의 부과처분은 2,621,309,923원(2004년 515,294,191원, 2005년 402,621,684원, 2006년 483,822,588원, 2007년 587,014,078원, 2008년 632,557,382원)을 「조세특례제한법」 제10조의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000년 설립하여 인터넷 온라인 교육사업을 영위하고 있는 법인사업자로 2003년 9월 「기술개발촉진법」에 따른 기업부설연구소인 교육공학연구소(이하 “쟁점연구소”라 한다)를 설립하여 2004~2008사업연도 기간 중 쟁점연구소에 소속된 연구원의 인건비 27억 9,556만원(2004년 5억 4,200만원, 2005년 4억 3,108만원, 2006년 5억 1,413만원, 2007년 6억 2,106만원, 2008년 6억 8,727만원이고, 합계 27억 9,554만원이고, 이하 “쟁점인건비”라 한다)에 대하여 2004~2008사업연도 법인세 신고시 419,334,245원(2004년 81,114,802원, 2005년 64,662,543원, 2006년 77,120,639원, 2007년 93,159,306원, 2008년 103,090,964원, 합계 419,148,254원이고, 이하 “쟁점세액”이라 한다)을 「조세특례제한법」 제10조에 의한 세액공제액으로 신고하였다.

나. 2009년 6월 ○○지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사결과, 쟁점연구소의 연구원이 연구활동에만 전담하지 아니하고 청구법인의 영업과 관련된 지원업무를 겸임하고 있는 것으로 보고 쟁점인건비가 「조세특례제한법」 제10조에 의한 연구 및 인력개발비 세액공제대상이 아닌 것으로 보아 쟁점세액을 불공제하여 2009.9.10. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 89,480,800원, 2005사업연도 법인세 13,225,450원, 2006사업연도 법인세 33,993,160원, 2007사업연도 법인세 260,403,520원, 2008사업연도 법인세 89,857,100원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2000년 설립 이후 30여개 이상의 ○○ 시스템을 개발하여 왔고, 2003.9.30. 산업○○협회로부터 기업부설 연구소인 쟁점연구소를 인증받았으며, 쟁점연구소의 기술개발을 통해 국책기술개발사업자로 선정되는 등 단순한 교육서비스업이 아닌 기술혁신형 중소기업으로 인정받는 등 지속적인 연구개발 활동을 통하여 ○○ 시스템을 발전·완성시켜 정부기관으로부터 우수기업으로 선정되었는 바, ○○산업은 교육에 대한 이해 및 교육컨텐츠 못지않게 IT기술력이 산업경쟁력을 좌우하는 기술집약적산업으로 단순히 홈페이지를 제작·판매하는 전자상거래 수준이 아니라 저작툴, 학습서비스시스템(LMS), 디지털콘텐츠 관리시스템(LCMS), 보안, 세계표준규격 및 정부정책 등 다양한 기술과 규범이 융합된 서비스기술산업이다.

그러나, 처분청은 일부 불명확하고 객관적인 근거가 없는 사례를 이유로 전체 연구인력이 연구개발업무 외에 일상적인 전산시스템의 유지보수 업무, 기업체 및 공공기관의 단체 인터넷강의 수주에 따른 전산작업, 모의고사, 수강생 관리, 강의 모집안내, 배너제작, 전산장비 관리업무 등을 하고 있어 연구개발 외에 일상적인 영업활동의 지원업무를 겸임하고 있다고 보고 모든 연구 및 인력개발비를 세액공제대상에서 부인하였으나, 이는 청구법인의 사업특성을 고려하지 않은 일방적인 해석으로 이는 청구법인의 업무일지 기록사항에 대한 오해에서 비롯된 것으로 연구소 고유의 연구활동의 일환에 해당되는 업무이다.

예를 들어, 처분청은 세무조사시 유치한 쟁점연구소 개발팀 등의 업무일지상의 법인연수원 개편 중 평가구현(담당 김○○), 주문취소(담당 윤○○) 등의 내용에 대하여 영업활동 등의 지원업무를 겸임한 것으로 보았으나, 동 일지에 기록된 ‘평가구현’은 평가업무를 대행한 것이 아니라 학습자가 온라인에서 시험을 볼 수 있도록 온라인 평가모듈을 개발하여 강의별 온라인평가를 할 수 있는 시스템을 구현제공한다는 의미를 축약해서 기록한 것이고, ‘주문취소’는 주문취소 업무를 담당한 것이 아니라 법인연수원 사이트에서 학습자가 신청한 주문을 취소하는 경우 수강신청 취소와 택배사에 기배송한 교재회수를 연동할 수 있도록 모듈을 개발하는 업무를 축약해서 기록한 것이며,

개발1·2팀의 업무일지 등에 사용한 운영 또는 유지보수업무는 사전적인 의미의 운영, 유지보수 업무가 아닌 기존 온라인 교육시스템의 기능 추가, 업그레이드, 버전업 등을 위한 개발업무를 의미하고, 개발팀에서 운영 또는 유지보수란 표현을 사용한 것은 신규 프로그램 개발활동과 구분하기 위해 사용한 용어일 뿐이며, 실질 내용은 기존 개발 프로그램의 추가 개발활동을 의미하는 것으로 이는 연구소 고유의 개발활동으로 보는 것이 타당한 바, 예를 들어 2007년 5월 업무보고서상 “지원”으로 표시된 업무는 관리팀이 주로 사용하는 내부관리시스템 ○○시스템의 기능개선 및 오류수정 작업으로 기존 개발시스템을 업그레이드하는 업무이다.

일반 제조업의 경우 제품개발 기간이 장기간이고 개발된 제품의 수명주기가 수년간 유지되나, 온라인 교육산업의 경우 온라인 교육 콘텐츠의 수명주기가 길어야 1년여이고(각종 수험서들의 경우 매년 관련 법규 및 내용이 변경되어 개정판이 출시됨), 교육 컨텐츠와 관련 인터넷, 보안 등 전산환경이 수시로 변경되므로 온라인 교육콘텐츠를 변경 및 재작성하기 위한 시스템 개발도 수시로 이루어지고 있는 바, 청구법인의 온라인 교육사업의 특성상 개발업무가 IT기술에 기반을 두고 있어 급격한 변화와 빠른 상호대응을 필요로 하고 있어 시스템 개발업무는 이를 현장매출업무에 실시간으로 반영하기 위하여 서로가 밀접한 관계를 맺고 있다.

「조세특례제한법」상 연구의 정의는 「기술개발촉진법」 제2조 제1호의 기술개발을 말하는 것으로 동 규정에 의하면 기술개발이라 함은 신기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료ㆍ제품ㆍ장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험과정까지를 포함한다고 되어 있는 바, 청구법인의 경우 개발결과가 타당한지를 점검하는 과정에서 진행되는 업무도 이에 포함된다고 할 것이므로 쟁점연구소의 연구원이 자신의 개발결과가 타당한지 여부를 점검하는 과정에서 다른 업무의 과정에 일부 관여하였다 하더라도 이를 이유로 동 연구원이 연구 개발활동에 전념하지 아니하였다고 보기는 어려운 것이다.

인터넷 교육시장은 교육컨텐츠와 IT기술의 변동이 급격하여 LMS(학습관리시스템)시스템이 계속 개발을 통해 업그레이드 되어야 하고 이러한 시스템 진화의 일환으로 영업부서에서의 요청들을 시스템상 자동으로 처리하기 위한 일반화 및 시스템화 작업이 필요한 바, 예를 들어, 게시판 작업의 경우에도 영업부서의 요청이 있을 시 연구개발자가 해당 게시판을 일일이 작업하여 만드는 것이 아니라 게시판 시스템을 추가 개발하여 영업부서의 담당자가 게시판을 생성할 수 있도록 하는 것이고 현실적으로도 수천 개의 게시판을 개발자가 일일이 만들어 낼 수는 없다.

이와 같이 처분청은 청구법인의 내부서류 수만 건을 예치·조사하여 그 중 업무일지 등 일부서류상 기재된 명칭만을 제시하며 실제 연구활동을 하지 않았을 것이라는 막연한 추정에 의해 부당하게 과세하였으므로 이 건 연구 및 기술개발비 세액공제를 부인하여 과세한 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 연구소 업무보고 등의 내부 문건상 “지원 또는 유지보수”라는 용어는 연구소 내부에서 사용되는 용어로 시스템의 기능개선, 오류수정을 의미한다는 등으로 주장하나 쟁점연구소 운영현황은 기업체(법인)의 단체 인터넷 동영상강의를 지원하는 개발 1팀(B2B), 일반 개인들의 인터넷 동영상강의를 지원하는 개발 2팀(B2C), 오프라인 학원교육과정을 지원하는 개발 3팀, 인터넷동영상 강의 홈페이지를 관리하는 디자인팀, 회사 전체의 전산을 관리하는 전산운용팀으로 운영하고 있으며 연구소 조직을 필요에 따라 유기적으로 변경하고 있다.

세무조사시 확보한 쟁점연구소의 소장 및 개발1, 2, 3팀장, 전산운영팀장, 디자인팀장의 2004년 ~ 2008년 기간 중 주간 및 월간업무보고서, 리소스투입보고서 등의 각종 보고서에 의하면, 개발팀은 연구개발 업무 외에 인터넷 동영상 강의영업을 위한 일상적인 전산시스템 유지보수 업무, 기업체 및 공공기관의 단체 인터넷강의 수주에 따른 전산작업, 법인 거래처의 요청사항 수정업무, 모의고사, 수강생관리 지원업무 등을 하고 있고,

디자인팀은 고유디자인 개발이 아닌 인터넷 동영상강의 홈페이지상에 강의모집안내, 베너제작, 수정, 삭제, 강사이미지작업, 교육과정소개, 모의고사 시험안내 공지사항게시 등 인터넷동영상강의 영업과 관련된 일상적인 업무를 수행하고 있고, 전산운영팀은 청구법인 내의컴퓨터 서버, 범용 소프트웨어, 종업원의 개인용 PC, 프린터 등 전산장비 관리업무를 주로하고 있어 연구개발 외에 일상적인 영업활동의 지원업무를 겸임하고 있는 것으로 나타나는 등 쟁점연구소의 연구원들이 그 인건비에 대하여 연구 및 인력개발비로 세액공제를 받기 위한 필수요건인 연구개발 활동에만 전담하지 않고 영업활동과 관련된 지원 업무를 겸임하고 있음이 확인된다.

또한, 세무조사시 예치·확보한 청구법인의 내부문서 “2007-○○관리”에 의하면 ‘연구소 신고관리에 대하여, 연 7천~8천만원의 연구인력개발비 세액공제로 가장 큰 세무 Risk’, ‘문서 및 관리시스템이 연구소체계로 되어 있어야 하나 그렇지 못함’, ‘몇 번의 조직개편으로 현재는 연구소 인원이 전 부서로 뿌려져 있는 상태로 전면개편이 필요’, ‘연구개발과제 및 리소스관리에 대한 문서관리도 필요’ 하다고 기술되어 있는 등 연구 및 인력개발비 세액공제 요건을 갖추지 못하였음을 인정하고 향후 관리의 필요성을 강조하고 있으며, “연구소 실사대비 숙지사항”이라는 청구법인 내부문건에서도 연구소는 사이트 구축이나 교육팀 지원업무를 하는 것으로 기재되어 있다.

따라서, 청구법인이 쟁점연구소 연구원의 인건비에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 받기 위해서는 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항 〔별표〕6 에 의하여 연구원이 연구개발에만 전담하여야 하나 청구법인의 영업활동과 관련된 지원업무를 겸직하고 있으므로 연구 및 인력개발비세액을 불공제한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인의 기업부설연구소의 연구원들이 실제 연구개발이 아닌 영업활동과 관련된 지원업무를 겸직한 것으로 보아 동 연구소의 소속 연구원들에 대한 인건비 지출액을 전액 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 불공제한 처분의 당부

나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성 서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

○ 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중〔별표〕6의 비용을 말한다.

〔별표 6〕연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련)

구분	비용
1.기술개발	가.자체기술개발 ① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비

○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

② 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목 ①에서 “재정경제부령이 정하는 자” 라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

○ 기술개발촉진법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “기술개발” 이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료ㆍ제품ㆍ장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다.

○ 기술개발촉진법 제7조【특정연구개발사업의 추진 등】

① 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

2. 연구인력ㆍ시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 “기업연구소”라 한다)

○ 기술개발촉진법 시행령 제15조 【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】

① 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1. 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소 : 5인 이상

2. 국외에 있는 기업부설연구소 : 5인 이상

3. 과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소 : 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다)

4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소 : 10인 이상

○ 기술개발촉진법 시행규칙 제7조【기업부설연구소의 신고 등】

② 영 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정을 받고자 하는 자는 별지 제7호서식에 의한 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출하여야 한다.

1. 연구사업개요서 1부

2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부

3. 연구시설명세서 1부

③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.

○ 과학기술부 고시 제2003-10호(2003.8.23.)

② “연구소·전담부서 및 영리연구법인의 직원”(이하 “연구소직원”이라 한다)이라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 연구전담요원

연구소·전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하고 연구개발과제를 직접 수행하며 연구업무 이외의 다른 업무를 겸하지 않는 자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세자료 등에 의하면, 청구법인은 2004~2008사업연도 중 쟁점인건비에 대하여 「조세특례제한법」 제10조에 의한 연구 및 인력개발비 세액공제대상이라 하여 쟁점세액을 공제하여 법인세 신고하였고, 처분청은 쟁점연구소의 연구원들이 연구활동 외에 영업업무 등의 지원업무를 겸임하고 있는 것으로 보아 쟁점세액을 불공제하여 과세하였다.

(2) 처분청은 이 건 과세근거 증빙으로 ○○지방국세청장이 텅구법인에 대한 세무조사시 영치·확보한 청구법인의 내부문서 “2007-○○관리 증 연구소 신고관리 부분”, “연구소 실사 대비 숙지사항”, 2004년 3월~2007년 12월 중 쟁점연구소 개발1, 2팀의 주간·월간업무보고서, 개발 3팀의 2008년 월간업무보고서, 디자인팀의 2007년 업무보고서, 전산운영팀의 2008년 월간업무보고서 및 “업무별 리소스 투입량 보고서” 등을 제시하므로 이에 대하여 본다.

(가) 청구법인의 내부문서인 “2007-○○관리 중 연구소 신고관리 부분”의 내용을 보면, 아래와 같다.

○○○

(나) “연구소 실사대비 숙지사항”은 그 작성일은 기재되어 있지 아니하고 그 내용을 보면, 아래와 같다.

○○○

(다) 2004년 3월~2007년 12월 중 쟁점연구소 업무보고서 및 업무별 리소스 투입량 보고서 중 개발팀의 2008년 2월 1주 업무일지 내용을 보면, 아래와 같다.

○○○

(라) 처분청은 위와 같은 청구법인의 내부검토문서 및 업무일지 등에 의하여 쟁점연구소 연구원들이 연구개발활동에만 전념하지 아니하고 영업활동과 관련된 지원업무를 겸임하고 있는 사실이 확인되고 있다는 의견이다.

(3) 이에 대하여 청구법인은 쟁점연구소가 「기술개발촉진법」에 의하여 인정받은 기업부설연구소로서 인적·물적 요건을 갖추고 연구원들이 연구활동에 전념하였고 영업활동 등의 지원업무를 겸임하지 아니하였다고 주장하면서 청구법인의 조직도, 기업부설연구소 인정서, 한국산업○○협회의 기업부설연구소 변경신고 수리결과 공문, 2004년~2008년 중 쟁점인건비 등의 인건비 지급내역, 쟁점연구소 연구원 현황·연구원별 연구참여실적, 쟁점연구소에서 개발한 ○○시스템 구성도·자체 연구개발실적·자체 개발한 주요기술 및 지적재산권 목록, 쟁점연구소의 부서별 업무분장내용, 처분청의 과세근거에 대한 소명자료 등을 증빙자료로 제출하고 있다.

(가) 청구법인의 조직도를 보면, 대표이사 밑에 관리조직인 기획관리실(회계관리, 재무기획 등), 경영연구소, 교육정보화, 출판위원이 있고, 영업본부(법인팀, 교육1·2팀, 학원1·2·3팀, 출판영업팀, 출판기획팀, 고객마케팅팀, 교육지원팀)와 지원본부(물류팀, 영상제작팀, 영상편집팀, 교수설계 1·2팀, 과정제작 1·2팀), 쟁점연구소(개발 1·2·3팀, 디자인팀, 전산운영팀)가 있고, 기업부설연구소 인정서를 보면, 2003.9.30. 사단법인 한국산업○○협회장이 「기술개발촉진법」제16조에 의하여 쟁점연구소를 기업부설연구소로 인정한 것으로 되어 있으며, 한국산업○○협회의 기업부설연구소 변경 수리결과공문에 첨부된 청구법인의 내부도면을 보면, 쟁점연구소는 청구법인의 전체 사무실 중 좌측 끝에 분리된 공간에 위치하고 있고, 면적은 122.48㎡으로 전체 사무실 총면적 978.37㎡ 중 12.5%를 차지하고 있는 것으로 나타난다.

(나) 청구법인의 2004사업연도~2008사업연도 중 쟁점연구소 연구인력별 연구개발실적(20p 분량으로 생략) 및 급여 지급내역 중 쟁점인건비를 포함한 인건비 지출내역을 보면, 아래 <표>와 같다.

○○○

(다) 쟁점연구소에서 개발완료한 ○○시스템 구성도, 자체개발 연구실적·주요기술 목록·지적재산권 목록 등을 보면, 아래와 같다.○○○

(라) 청구법인의 각 부서별 업무분장의 주요내용을 보면, 법인팀(법인영업팀과 운영팀)의 역할은 영업팀은 고객을 발굴하여 과정을 제안하고 수주를 하며 고객의 요구사항을 접수하여 신규 과정을 기획하거나 기존 과정을 개편하는 의사결정 담당 및 고객의 요구사항 중 새로운 것과 특이사항을 운영팀에 전달하는 등의 업무를 하고, 운영팀은 LMS관리시스템을 활용하여 영업팀 수주내용을 바탕으로 사이트를 개설하고 과정에 따른 차수(기수, 반)를 개설하며 과정별 튜터(보조강사)를 배정하여 학습내용에 대한 보완·처리와 고객 요청사항 중 시스템과 관련된 특이사항을 쟁점연구소에 전달하고, 과정개설 및 콘텐츠 오류에 대한 수정요청, 과정별 공지등록, 노동부에 보고, 독려 대상 및 정책을 수립하여 교육관리의 전반을 책임지며, 학습완료 후 결과자료를 고객회사에 송부하고 수주결과를 집계하여 세금계산서를 발행·고객사에 보내는 등의 업무를 하며,

교육지원팀은 고객불만의 접수 및 유관 부서에 전달, 독려전화 등을 담당하고, 교수설계 / 과정제작팀은 학습자에게 제공할 과정에 대한 설계와 개발 담당, SME(Subject Matter Expert)라고 불리는 강사, 교수, 현업전문가들이 원고를 작성하면 교수설계팀은 원고를 기반으로 다양한 자료를 검색하고 첨가하여 작성한 스토리보드에 따라 프로토타입 개발 및 검수를 통해 확정되면 전체 과정(BtoB시장은 단순 동영상만 서비스하는 과정은 없고 주로 플래시 툴을 사용하여 고급스럽게 개발된 과정이 대부분이고 동영상은 플래시 컨텐츠 안에 하나의 모듈로 사용)을 제작하는 등의 업무를 하고,

영상제작팀은 강의촬영과 테입입고, 캡쳐, 인코딩 등을 담당하고, 영상편집팀은 캡쳐된 영상에 대해 추가적인 편집작업을 통해 영상을 보다 심미적이고 효과가 있도록 만드는 등의 업무를 하며, 물류팀은 자체개발한 △△시스템이라 불리는 수주매출관리시스템을 통하여 택배사나 퀵서비스, 용달 등의 업체를 활용하여 교재책을 배송하는 등의 업무를 담당하는 것으로 되어 있다.

쟁점연구소의 개발팀 1·2·3팀은 기본적인 연구개발조직으로 BtoB 사업에 필요한 LMS(학사관리시스템)를 개발하고 개선작업을 하는 역할을 담당하는데, BtoB사업을 위한 LMS(학사관리시스템)는 사이트와 관리시스템으로 구성되어 있는데 사이트는 고객사별 별도 사이트가 개설되며 법인팀 내 운영담당자들이 LMS의 관리시스템을 이용하여 수백개의 고객사이트를 중앙에서 총괄적으로 관리하고 이는 쇼핑몰의 ○○○과 유사하고, 디자인팀은 고객회사와 브랜드에 대한 CI, BI개발 및 사이트 개발(리뉴얼)에 대한 디자인(최종 결과물은 Html과 Javascript로 구성된 웹페이지) 등을 담당하며, 전산운영팀은 전산서버 및 네트워크 자원을 관리하는데 법인운영팀의 전산지원업무 등도 일부 담당하는 것으로 되어 있다.

쟁점연구소에서 사용하는 시스템 개발에 따른 업무분류 내용 중 “시스템 개발”은 기존 시스템에 없는 새로운 것을 개발하는 것을 말하고, “시스템 개편(리뉴얼)”은 기존 시스템을 전면 개보수하는 경우에 사용하며, “시스템 유지보수”는 기존 시스템에 있는 기능의 오류 수정 및 단순한 기능을 개선하는 경우에 사용하고, “시스템 운영”은 법인운영팀에서 업무수행 중 관리시스템을 이용하여 작업할 수 없는 업무발생시 연구소에 지원요청하여 우선적으로 전산운영팀에서 처리하나 발생이 빈번한 경우는 개발팀에서 직접 개발하여 관리시스템에 메뉴로 추가하고 있다는 등으로 되어 있다.

(마) 청구법인의 기획관리실장 이○○ 및 쟁점연구소 소장 장○○은 2010.4.22. 조세심판관회의에 출석하여 처분청의 과세근거자료 중 “2007-○○관리 중 연구소 신고관리”에 대하여 동 문서는 그 형식과 내용 등에서 보듯이 공식적으로 작성된 문서가 아니고 2007년 6월 관리팀에서 연구소 인력의 변동사항에 대해 한국산업○○협회에 신고가 제때에 처리되지 않은 점과 쟁점연구소 내에 문서작성을 담당하는 행정요원이 별도로 없다 보니 개발과제들이 일일이 문서로 기록되고 관리되지 못하는 실정이었고, 연구인력이 타부서의 TFT팀에 배속된 경우 실제 소속 및 업무는 연구소로 되어 있으나 부서별 예산관리 및 성과평가 등으로 조직도상에 타부서로 표시되는 문제가 있어 이에 대한 보완이 필요하다는 점을 강조화법을 사용하여 지적한 것이었고, 인력변동 사항은 곧 바로 한국산업○○협회에 변경신고시 변동사항을 반영하고 이에 따라 회계신고를 하였으며, “연구소 실사대비 숙지사항”은 2003년 9월 쟁점연구소가 「기술개발촉진법」에 의한 기업연구소로 인정받을 당시 한국산업○○협회의 현장실사에 대비하여 경영지원팀에서 연구원들에게 보낸 문서로 연구원들이 기업부설연구소로 인정되기 이전의 용어나 호칭 등을 사용함으로써 현장실사자의 오해를 불러올 것을 우려하여 주의사항을 전달한 것이었다고 진술하면서 관련 소명자료를 제출하였으며,

“업무일지 및 업무별 리소스 분석”자료 중 2008년 2월 1주 업무일지와 관련하여 제출한 소명자료를 보면, “1. 근수제 사이트 개발, 1-1. 법인관리시스템→법인개인 ○○○ 전송”는 근로자 수강지원사이트 개발로 학습자가 개인결제시 결제내역을 청구법인의 ○○○ 시스템으로 수주전송을 하여 매출로 인식시키는 운영업무를 지원하기 위한 법인관리시스템 모듈을 개발한 경우이고, “2. 법인연수원 개편, 2-1. 평가구현”은 학습자가 온라인에서 시험(평가)을 볼 수 있는 시스템을 구현하여 제공한 것으로 평가업무를 대행한 것이 아니며, “2-2. 주문취소”는 학습자가 사이트에서 강의 및 교재를 신청 후 주문을 취소할 수 있는 기능을 개발한 것으로 주문 취소에 따라 수강신청의 취소 및 택배사에 교재 회수 및 취소 데이터를 연동할수 있는 모듈을 개발하는 업무로 직접 주문취소 작업을 한 것이 아니고, “2-3. 과제 중간저장 추가”는 학습자의 과제제출 모듈에서 중간저장 기능을 추가 개발한 것이며, “2-4. 수강신청(개인결제)”은 학습자가 수강신청하고 개인결제(카드, 무통장입금, 계좌이체)할 수 있는 모듈을 개발한 것이고, “3. 개인 수강지원 수정요청 처리, 3-1. 수강신청정보 SMS 발송(관리자)”은 법인연수원 사이트에서 학습자의 수강신청에 따른 신청정보를 관리자에게 SMS를 발송할 수 있는 모듈을 개발한 것이며, “3-2. 근로자○○제도 신청메일(관리자)”은 근로자○○제도에서 학습자가 수강신청시 관리자에게 자동으로 신청내역에 대한 메일이 발송되는 모듈을 개발한 것이고, “4. 외부 컨텐츠 포팅(110여개), 4-1. 포팅과정 수정처리”는 외부 업체 컨텐츠 포팅에 따른 LMS와 콘텐츠 모듈간의 학습 트래킹정보 수집함수의 정상적 동작을 위한 함수 모듈의 수정, 외부 업체의 콘텐츠에서 일부 함수 호출의 문제로 인한 함수수정 및 컨텐츠에서 함수 호출부분에 대한 수정요청 처리를 한 것이며, “5. ActiveX 기능 보안, 5-1. 신규 버전 테스트 및 개편 사이트 적용(강의)”은 신규 개발된 ActiveX 모듈의 테스트를 진행하고 그에 따른 개편된 연수원 사이트의 학습자 강의창 모듈에서 해당 ActiveX를 적용하여 정상적으로 기능이 수행되는지 확인하는 등의 개발업무를 수행한 것으로, 동 업무일지 등에 축약하여 기재된 것처럼 평가구현, 주문취소, 수강신청 및 SMS 발송 등의 업무를 수행한 것이 아니라는 등으로 소명하고 있다.

(4) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 청구법인은 2003.9.30. 「기술개발촉진법」제16조 및 같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의하여 ○○장관의 권한위임에 따라 한국산업○○협회장으로부터 기업부설연구소로 인정받은 이후 연구원의 변경 등에 대하여 한국산업○○협회에 신고하여 온 사실이 확인되고 있고, ○○ 시스템 관련 특허취득 3건, 온라인 강의시스템 프로그램 등록 8건, 교육 IT기술 획득 17건, 자체개발 연구실적 13건 및 정부 R&D연구과제 6건 등 지속적으로 연구성과를 산출하고 있는 것으로 나타나며, ○○장으로부터 가술혁신형 중소기업으로 선정되고, ○○부 등으로부터 인터넷 훈련기관 최우수 기관으로 선정되는 등 연구원들이 각각의 연구프로젝트별로 연구에 참여하고 있음이 2003년~2008년 인력별 개발업무 참여내역 등에 의하여 확인되는 반면,

처분청이 과세근거로 제시한 청구법인의 내부문서(2007-○○관리 중 연구소 신고관리 부분, 연구소 실사대비 숙지사항)의 경우 그 기재내용에 따라 연구원들이 다른 업무를 겸임하였다고 추정한 것으로 연구원이 연구활동 외의 영업활동 등의 업무를 겸임한 사실이 구체적으로 입증되는 자료로 보기 어려우며, “업무일지” 등에 기재된 주문취소 등 영업활동으로 오해할 수 있는 용어의 경우 청구법인에 그와 같은 영업활동을 전담하여 수행하는 영업팀이 별도로 있는 점과 관리시스템상 그 업무를 수행할 수 있는 기능을 개발하는 일을 축약하여 기재한 것이라는 청구법인의 소명이 보다 더 신빙성이 있으므로 위와 같은 처분청의 과세근거 증빙만으로는 쟁점연구소 연구원들이 연구활동에 전념하지 아니하였다고 볼 수 없고, 청구법인 내의 일반 매출부서의 영업활동과 구분되는 연구활동을 실질적이고 지속적으로 수행한 것으로 볼 수 있으므로 이들 연구원들에 대한 인건비는 기본적으로 「조세특례제한법」제10조에 정한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

다만, 쟁점연구소의 전산운영팀의 경우 업무분장상에 전산서버 및 네트워크 자원을 관리하면서 법인운영팀에서 요청하는 전산지원 등도 처리하는 것으로 되어 있어 연구개발업무 외에 지원업무를 일부 겸임하고 있는 것으로 볼 수 있으므로 쟁점인건비 중 전산운영팀에 속한 연구원에 대한 인건비 174,251,713원(2004년 26,711,156원, 2005년 28,461,875원, 2006년 30,315,007원, 2007년 34,047,963원, 2008년 54,715,712원)의 경우는 위의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

(5) 그렇다면, 처분청이 쟁점연구소 연구원이 모두 영업활동 등의 지원업무를 겸임하고 있는 것으로 보아 쟁점인건비에 대하여 전액을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에서 제외하여 과세한 것은 잘못이므로 쟁점인건비 중 2,621,309,923원(2004년 515,294,191원, 2005년 402,621,684원, 2006년 483,822,588원, 2007년 587,014,078원, 2008년 632,557,382원)을 「조세특례제한법」제10조에 정한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다.

출처 : 바른경영세무회계사무소

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