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안녕하십니까?
귀 질의에 대하여 다음과 같이 답변드립니다.
기한내에 발행하지 못한 경우란 공급시기에 세금계산서를 발행하지 못한 것으로 이해됩니다. 공급시기 이후 발행된 세금계산서로서 세금계산서 교부특례에 해당되지 않는다면, 공급자가 공급받는자에게 다음과 같은 불이익이 있습니다.
① 공급자
공급시기 이후에 세금계산서를 교부하는 것은 사실과 다른 세금계산서를 교부하는 것이므로 공급자는 부가세와 공급가액의 1%에 해당하는 세액을 부담하여야 합니다.
② 공급받는자
공급시기 이후에 세금계산서를 교부받은 사업자는 매입세액불공제의 불이익을 받습니다. 매입세액불공제이므로 관련된 가산세는 없습니다. 다만 공급받는자가 공급시기 이후에 세금계산서를 교부받더라도 동일한 과세기간 내에 교부받은 경우에는 매입세액공제를 받을 수는 있으나. 공급가액의 1%에 해당하는 가산세를 부담하여야 합니다.
*전자세금계산서를 미발행한경우에는 공급가액의2%가산세가 부과되며
*과세기간종료월의다음달15일 이후에 전송(미전송)하는 경우는 공급가액의0.3%
*지연전송의경우는 공급가액의0.1% 가산세를가 부담됩니다.
※ 개인사업자는 아직 전자세금계산서의 의무발행대상이 아니므로 종이와 전자세금계산서의 세법상 적용내용은 차이가 없습니다. | 
